我所吴志强团队、杨帆团队合作构建病毒跨种传播知识库OmniVira

2026年10月27日，我所吴志强团队、杨帆团队合作在《Nucleic Acids Research》杂志在线发表题为“OmniVira: a knowledgebase of source-linked evidence on viral spillover and cross-species transmission”的研究论文。该研究构建了病毒溢出与跨种传播证据知识库OmniVira（https://omnivira.org/），将分散于文献中的研究发现转化为结构化的证据记录，为系统整合与利用病毒跨种传播研究证据提供了新资源。

图. OmniVira的构建流程示意图（上）及前端界面（下）

系统梳理病毒跨物种的科学证据，是理解病毒宿主适应、开展监测与防控研究的重要基础。然而，相关证据分散于监测调研、流行病学、感染实验、分子机制和基因组演化等研究中，其研究背景和结论依据各不相同，给证据的系统比较与综合利用带来困难。针对这一问题，研究团队建立了以单条研究发现为基本单元的证据组织框架，构建涵盖五大类别、14种证据类型的分类体系，将研究结论与支持性文本、来源文献及标准化的病毒、宿主和地理信息相连接，并保留宿主背景、传播方向和实验条件等关键信息，使用户能够区分观察结果、传播推断和实验发现，追溯每项结论的文献依据。

研究团队将大语言模型引入文献筛选与候选证据提取，利用证据分类体系指导模型识别和整理研究发现，并结合自动化校验与人工审校，建立了支持每日更新的证据整理流程。平台支持从证据、文献、病毒和宿主等入口开展关联检索与可视化浏览，为异质研究证据的持续积累、来源核查和综合分析提供了资源平台，为病毒跨物种研究及监测预警提供了信息支撑。

我所博士研究生赵鹏、博士后韩业林为论文共同第一作者，吴志强研究员、杨帆研究员为论文共同通讯作者。研究工作得到国家科技重大专项、国家自然科学基金、科技基础资源调查专项、中国医学科学院医学与健康科技创新工程及中国博士后科学基金等项目资助。病原所公共技术服务平台提供了计算基础设施和服务器资源支持。